Molti vivai chiudono per un giorno o un fine settimana una volta l'anno per contare lo stock. Il conteggio cade spesso a fine anno fiscale, quando il commercialista ha bisogno del valore del magazzino. Alcuni vivai contano di nuovo prima della stagione primaverile per preparare gli elenchi di disponibilità.
Il metodo abituale usa fogli di conteggio stampati e cartelline. Le squadre percorrono ogni area, annotano ciò che vedono e riconsegnano i fogli in ufficio. Nei giorni successivi qualcuno digita i dati in un foglio di calcolo o nel sistema di magazzino.
Quando l'ultimo foglio è stato inserito, i primi dati sono già superati. Dopo il conteggio le piante sono state vendute, rinvasate o buttate. La scrittura a mano provoca errori e alcuni fogli tornano con righe mancanti o quantità poco chiare.
L'inventario ferma anche il resto del lavoro. Il personale che conta viene sottratto a prelievo, rinvaso e vendita. Gli ordini vengono trattenuti perché lo stock non si muova durante il conteggio. Per un vivaio con molto lavoro, la giornata persa ha un costo reale in stipendi e vendite ritardate.
Nonostante questi problemi, l'inventario annuale resta diffuso. È familiare, soddisfa il commercialista e dà un solo valore a una sola data. Il punto debole è che gli errori trovati durante il conteggio esistono spesso da molti mesi.